Нема описа

Roman 9abd4b5bf8 fix		пре 7 месеци
data_output_seq	242de63fcb removed	пре 7 месеци
plots_output	242de63fcb removed	пре 7 месеци
pulseq_fixed	640e6e03ec added commentary	пре 7 месеци
seq_store	640e6e03ec added commentary	пре 7 месеци
1_block_synchronizer.py	9abd4b5bf8 fix	пре 7 месеци
readme.md	77e6603a2f typo fix	пре 7 месеци

PULSEQ INTERPRETATOR

Оглавление/Quick Links

Обзор/Overview

Особенности/Features

Подготовка / Getting Started

Установка/Installation

Обзор/Overview

Алгоритм для обработки специальных .seq файлов, содержащих импульсные последовательности, предназначен для создания последовательностей синхронизирующих импульсов для использования в аппарате магнитно-резонансной томографии (МРТ).

Algorithm for processing special .seq files containing pulse sequences is designed for creating sequences of synchronizing pulses for use in magnetic resonance imaging (MRI) devices.

Особенности

Чтение .seq файла и извлечение информации о параметрах импульсов, таких как длительность, амплитуда, временные интервалы между импульсами и т.д.
Анализ полученных данных для определения оптимальной последовательности импульсов, обеспечивающей необходимую синхронизацию для проведения МРТ исследования.
Генерация нового файла с последовательностью синхронизирующих импульсов на основе анализа и оптимизации параметров.
Проверка сгенерированной последовательности на соответствие требованиям аппарата МРТ и корректировка при необходимости.
Экспорт окончательной последовательности импульсов для использования в работе с аппаратом МРТ.

Features

Reading the .seq file and extracting information about pulse parameters, such as duration, amplitude, time intervals between pulses, etc.
Analyzing the obtained data to determine the optimal pulse sequence that ensures the necessary synchronization for conducting MRI research.
Generating a new file with the synchronizing pulse sequence based on the analysis and optimization of parameters.
Checking the generated sequence for compliance with the requirements of the MRI device and adjusting it if necessary.
Exporting the final pulse sequence for use in working with the MRI device.

Подготовка / Getting Started

Требования/Requirements

chartio==6.0.1

matplotlib==3.8.4

numpy==1.26.4

pypulseq==1.4.0

Установка/Installation

Клонируйте репозиторий/Clone the repository:

git clone https://git.physics.itmo.ru/cp.lab/MRI.git

Перейдите в директорию проекта/Change to the project directory:

cd cplab_copy

Установите требуемые пакеты/Install the required packages:

> pip install numpy==1.26.4
> pip install matplotlib==3.8.4
> pip install git+https://github.com/imr-framework/pypulseq

It is important to mention, that the official release of pypulseq could not work properly due to PiPy error. If you already have installed pypulseq by

> pip install pypluseq

we kindly recommend you to uninstall it and use the given command upper.

> pip uninstall pypulseq
> pip show pypulseq
> pip install git+https://github.com/imr-framework/pypulseq

Запускайте 1_block_synchronizer.py

readme.md